در ابتدا آب خام ورودی به هیدروسیلکون جریان خطی داشته و با برخورد به بدنه دوار (قسمت بالای سیلکون) حرکت آب دورانی میگردد و به صورت مارپیچی در می آید. در این قسمت با برخورد ذرات به بدنه قیفی شکل هیدروسلکون تحت نیروی گریز از مرکز و نیروی جاذبه زمین ذرات به قسمت پایین هیدروسیلکون یعنی انباره آن هدایت شده و از آب خام جدا میگردند. هیدروسیلکونها توانائی جداسازی تمام ذرات شن و ماسه (که دانسیته آنها از دانسیته آب بالاتر میباشند) را از آب خام دارا میباشد.